폰테라 제품에 대한 보툴리즘 세균에 대한 조사 결과 검사가 잘못된 것으로 나타나면서 어떻게 잘못된 검사 결과가 나올 수 있었는지에 대하여  논란이 되고  있다.

야당 측은 잘못된 검사 결과가 공개되어 큰 문제를 일으키게 되었던 점에 대하여 의문을 제기하였으며, 이에 대하여 폰테라는 정확하게 자체 조사를 진행할 것으로 밝혔다.
 
1차 산업부에서는 일부 폰테라 유장 농축 제품에서 발견된 세균이 클로스트리디움 보툴리눔을 일으키는 보툴리즘 박테리아가 아닌 것으로 밝혔으며, 발견된 클로스트리디움 포자들은 식품 안전에 전혀 문제가 없는 것으로 밝혔다.

이 달에 진행되었던 아그리서치 왕립 연구소에서의 정밀 검사에서 폰테라의 유장 농축 제품들의 세균 오염 사건이 문제가 없는 것으로 결과가 나타났으나, 그 동안 잘못 발표된 검사 결과에 의하여 뉴질랜드 유제품의 신뢰성과 세계적인 인지도에 큰 오점이 남기게 되었으며, 중국은 물론 러시아, 카자흐스탄, 벨라루스 등지의 유제품 수출이 금년 말까지 큰 어려움을 겪을 것으로 알려졌다.