공인인증서는 컴퓨터 하드디스크에 저장하는 것보다, 이동식저장매체(USB) 등에 저장하는 것이 더 안전하다. 행정안전부 이재영 사무관은 "우리나라에서 약 2000만명이 공인인증서를 이용하는데 50% 이상이 하드디스크에 보관하는 것으로 추정된다"고 말했다. 기존에 PC에 사용하던 공인인증서도 복사나 저장매체 변경을 통해 USB로 옮기는 게 바람직하다.

최근 안전한 매체로 주목받는 것이 농협 등 시중은행에서 1만원 안팎으로 파는 보안토큰이다. 보안토큰은 암호 연산 기능이 담긴 칩을 내장하고 있어 공인인증서 유출을 방지하는 기능이 있다. 한국인터넷진흥원 관계자는 "보안토큰을 이용할 경우, 비밀번호를 5회 이상 잘못 입력하면 사용이 불가능하게 되고 그 안의 공인인증서를 복사할 수도 없어 공인인증서를 보호할 수 있는 가장 안전한 방법"이라고 말했다.