자위대 참석 논란 : 2004년 주한 일본대사관이 자위대 창립 50주년 행사를 열었을 당시, 이 행사에 모습을 드러낸 몇몇 국회의원 중 한 명으로 밝혀져 물의를 빚었다. 이에 대해 일본 대사관의 초대로 무슨 행사인지 모르고 갔다가 입구에서 자위대 창립 행사라는 것을 알고 나왔다고 주장했다. 그러나 촬영된 동영상을 보면 입구 전에서부터 자위대 관련 행사인 것을 알고 있었음을 직접 얘기하고 있어 그의 해명이 거짓말임이 드러났다.

주어 없음 논란 : 2007년 한나라당 대변인을 하던 당시에 이명박 대통령 후보의 BBK 논란과 관련해 “BBK 설립했다”고 발언한 동영상이 공개된데 대해 발언하는 과정에서 다소 과장되고 오해의 소지가 있는 표현이 있었을 뿐 ‘내가 설립했다’고 하지 않았으니 설립한 거라고 보기 힘들다며 이것을 이명박 후보가 설립했다고 단정 짓는 것은 명백한 허위사실이라는 발언을 해 비판을 받은바 있다. 이에 대해서 일부 언론과 대통합민주신당이 당시 발언의 앞부분만 떼어내서 해석을 해서 오해를 빚었다고 해명했다.

언론장악 논란 : 2008년 8월11일, 이동관 청와대 대변인과 최시중 방송통신위원장 등 총 7인이 참석했던 언론관계 조찬 대책회의에 동석했던 것이 2008년 국정감사 기간 중 밝혀져 KBS 등의 언론장악을 모의한 것 아니냐는 비판을 받았다. 특히 이 자리엔 국정원 차장도 참석했던 것으로 밝혀져 논란을 일으켰다. 이에 대해 나 후보자는 “그 자리에 국정원 차장이 와있을 줄은 몰랐다”고 해명했다.

여교사 비하 사건 : 2008년 11월15일 여교사를 비하했다는 발언으로 논란에 휩싸였다. 나 후보자는 교원평가의 빠른 실시를 주장하면서 “결혼 순위로 1위는 예쁜 여선생님, 2위는 못생긴 여선생님, 3위는 이혼하고 애 딸린 여선생님”이라고 말했다. 이 같은 발언으로 여교사 비하뿐만 아니라, 외모와 이혼으로 인한 차별에 대해 인식이 부족한 것 아닌가 하는 정치인 자질 논란을 빚기도 했다. 이에 대해 나 후보자는 “교사가 인기가 있다는 뜻을 전하기 위해 한 것이다”라고 해명했다.

미니홈피 저작권법 위반 : 2009년 7월30일 한나라당이 추진한 저작권법의 개정에 대한 반발이 거세지는 가운데 나경원의 미니홈피에 올라온 저작권법 위반 그림에 대한 네티즌들의 비난이 쏟아지자 해당 그림을 삭제하고 사과문을 개제했다. 네티즌들은 “법을 어겨놓고 그냥 사과하면 끝인가”라며 비판했다.

서울대 법대 강의 : 2009년 9월16일 서울대 법대 주산홀에서 ‘품격 있는 대한민국’이라는 주제로 강연을 가진 나 후보자에게 서울대학교 학생들은 ‘선배님, 당신이 창피합니다’라는 피켓을 들고 시위를 벌였으며, “정치인으로서 최고의 자질이라고 생각하는 그 뻔뻔스러움은 어떻게 키울 수 있는 것인가”라는 질문을 하기도 했다.

김제동 좌파 발언 : 2009년 10월12일 국회 문화체육관광방송통신 위원회의 KBS 국정감사에서 “김제동씨가 노무현 전 대통령의 노제에서 좌파적 발언을 했기 때문에 교체했는가”라고 질문해 논란을 빚었다. 이에 나 후보자는 “김제동씨의 교체가 정치적 성향이 아닌 일반적인 개편 때문이 아니냐고 이 사장에게 질문한 것”이라고 해명했다.

천안함 구조대원 빈소 기념촬영 : 2010년 4월 천안함 침몰 사고 당시 구조작업 중 순직한 한주호 준위의 빈소에 들렸던 나 후보자는 빈소에 방문한 모습을 사진으로 찍은 뒤 미니홈페이지에 올렸다. 네티즌들은 “빈소에 가서 싸이질이나 하고 기념사진이나 찍고 있으면서…”라며 나경원의 ‘빈소 기념사진’ 촬영을 비판했고, 민주당은 “정치인이 유족들과 군인들이 슬픔에 잠겨있는 영결식장에서 사진을 찍은 행위는 누가 뭐래도 자신이 그 현장에 있었다는 것을 남기기 위해 찍은 것”이라며 “기념사진을 찍은 것에 대한 비판에 무엇이 잘못됐느냐고 하는 뻔뻔한 모습에 분노하지 않을 수 없다”고 지적했다. 또 박현하 자유선진당 대변인은 “공성진 의원과 나경원 의원은 고인을 욕되게 한 경망스런 처사를 깊이 뉘우치고 고 한 준위의 영령과 그 유족 앞에 당장 석고대죄하라”고 비판했다.