물품을 공급받을 때 부가가치세를 부담했더라도 사업과 관련이 없거나 세금계산서로 입증하지 못하면 매입세액으로 공제받을 수 없으므로 사업자의 각별한 주의가 필요하다.
부가가치세 납부세액은 매출세액에서 매입세액을 뺀 금액이므로 매입세액이 클수록 납부할 부가가치세가 줄어든다. 사업과 관련이 있는 매입세액이라도 공제받지 못하는 경우가 있으므로 생각보다 불어난 세금고지서를 받지 않으려면 이 부분을 미리 체크해두는 것이 좋다.
국세청에 따르면 부가가치세 신고 시 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 않았을 경우 매입세액을 공제할 수 없다. 합계표를 제출했더라도 거래처별 등록번호나 공급가액 일부를 기재하지 않거나 사실과 다르게 기재한 경우도 마찬가지다.
국세청은 그러나 “수정신고•경정청구•기한 후 신고와 함께 제출하거나 경정 시 경정기관의 확인을 거쳐 제출하는 경우에는 매입세액으로 공제 받을 수 있다”고 덧붙였다.
세금계산서를 받지 않거나 부실하게 기재된 세금계산서를 받아도 매입세액 공제를 할 수 없다. 다만, 사업자등록 신청 후 발급일까지 거래에 대해 사업자의 주민등록번호를 기재해 세금계산서를 발급받거나 필요 기재사항의 일부가 착오로 기재되었으나 다른 기재사항으로 거래사실이 확인되는 경우는 매입세액 공제받을 수 있다고 국세청은 설명했다.
세금계산서를 늦게 발급받더라도 공급시기가 속한 과세기간 내에 발급받거나 국세청에 전송하지 않은 전자세금계산서라도 발급사실이 확인되면 매입세액 공제가 가능하다.그 밖에도 ▲비영업용으로 소형승용자동차 구입 및 유지에 쓴 비용의 매입세액 ▲접대비 지출과 관련된 매입세액 ▲면세사업 및 토지관련 매입세액 ▲사업자등록 전의 매입세액 또한 공제받을 수 없다. 단, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록 신청한 경우 그 과세기간 내 매입세액은 공제 받을 수 있다.
국세청은 “사업과 관련이 있는 매입세액이라도 공제 받지 못하는 경우가 있으므로 세금계산서를 발급받을 때는 이에 유의하여 불이익을 받지 않도록 해야 한다”고 당부했다.